Heidrun Clemen studierte an der Leipziger Hochschule für Musik und Theater „Felix Mendelssohn Bartholdy“ Korrepetition bei Horst Böhm, Christoph Taubert, Wolf Reinhold, Maria Bräutigam sowie Jochen Wehner und Günther Blumhagen. 1994 absolvierte sie ein künstlerisches Aufbaustudium im Fach Kammermusik mit „Auszeichnung“. Seit 1992 unterrichtet sie Klavier/Korrepetition am Musikzweig der Latina „August Hermann Francke“ in Halle/Saale. Daneben ist sie Lehrbeauftragte für instrumentale Korrepetition an der Hochschule für Musik und Theater Leipzig.
Gemeinsam mit dem Posaunisten Sebastian Krause (MDR-Sinfonieorchester) und dem Geiger Sebastian Ude (Gewandhausorchester zu Leipzig) gründete sie 1992 das Ensemble für Alte Musik „Musica Vespertina“. Seit 1993 arbeitet sie zudem mit dem „Bläser Collegium Leipzig“ zusammen. Mit beiden Ensembles gastierte sie erfolgreich im In- und Ausland. Mehrere Rundfunk- und CD-Produktionen liegen vor, darunter die Einspielungen „Alte Leipziger Bläsermusik“ und „Salve festa dies – Musik der Lutherzeit“.
Zahlreiche Auftritte als Klavierbegleiterin bei internationalen Wettbewerben wie Young Concert Artists, Internationaler Musikwettbewerb Markneukirchen, Wettbewerb Francesco Viñas (Barcelona), und Deutscher Musikwettbewerb (Bonn) sowie die Mitwirkung in verschiedenen Kammermusikformationen dokumentieren ihre Vielseitigkeit. Mit dem Pianisten Heiko Reitzsch musizierte sie mehrfach sehr erfolgreich im Klavierduo. Heidrun Clemen ist auch als Jurorin beim Wettbewerb „Jugend musiziert“ tätig.